La historia comienza con una joven, llamada Lucy, escapando de unas instalaciones de investigación en una isla cercana a la costa de
Kamakura en la
prefectura de Kanagawa, Japón. Desarmada y desnuda, a excepción de un casco de metal que oculta sus rasgos, consigue salir del recinto tras desmembrar y asesinar a varios guardias y empleados utilizando una especie de poderes sobrenaturales. Momentos antes de escapar, un
francotirador le dispara a la cabeza con un fusil de
calibre .50, provocándole una herida leve al partir el casco y descubriendo dos protuberancias óseas, como pequeños cuernos, saliendo de su cabeza; tras esto, la joven cae
inconsciente por un acantilado al mar.
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A la mañana siguiente, un joven llamado Kōta se traslada a Kamakura para comenzar sus estudios en la
universidad. Es recibido por
Yuka, su prima, que le permite alojarse en una vieja y abandonada
posada(
ryokan, en
japonés) de su familia a cambio de que la mantenga limpia y cuidada. El pasado de ambos está ensombrecido por las trágicas muertes del padre y la hermana de Kōta cuando eran niños, aunque éste no parece recordar las circunstancias exactas del suceso. Kōta y Yuka pasean esa tarde por la playa de
Yuigahama, donde encuentran a Lucy.